Zanim nazwa „Federalna Polska Autonomia Narodowo-Kulturalna” weszła do powszechnego użytku członkowie Polonii rosyjskiej musieli włożyć wiele wysiłku i pracy, aby słowa te znalazły swoje umocowanie prawne i odzwierciedlenie w rzeczywistości. Wraz z upadkiem ZSRR rozpoczął się kilkuetapowy proces formalizowania „Polskiej Autonomii Narodowo-Kulturalnej”.

W 1992 na I zjeździe organizacji polonijnych z inicjatywy dziesięciu tychże lokalnych organizacji został powołany „Kongres Polaków w Rosji”. 5 lat później doszło do II zjazdu, by w końcu na otwarcie XXI wieku (III zjazd miał miejsce w 2003r.) podjąć doniosłą w swoich skutkach decyzję o stworzeniu Polskiej Federalnej Autonomii Narodowo-Kulturalnej „Kongres Polaków w Rosji”, w skład której weszły Autonomia Narodowo-Kulturalna Polaków w Moskwie „Dom Polski", Irkucka Obwodowa Organizacja Społeczna „Polska Autonomia Kulturalna  „Ogniwo”, Krasnojarska Regionalna Autonomia Narodowo-Kulturalna „Dom Polski” oraz przedstawiciele regionalnych organizacji społecznych Polaków Abakanu, Barnauła, Bijska, Władykaukazu, Wołgogradu, Władywostoku, Jekaterynburga, Kazania, Jarosławia, Kaliningradu, Krasnodaru, Mineralnych Wód, Nalczyka, Nowosybirska, Orenburga, Permu, Penzy, Rostowa nad Donem, Petersburga, Samary, Smoleńska, Saratowa, Tomska, Togliatti, Tiumienia, Ufy, Ułan-Ude, Usola Syberyjskiego i stanicy Anapskaja.

Od tamtego momentu do „Kongresu Polaków w Rosji” przyłączały się kolejne organizacje, osiągnąwszy obecnie liczbę 48.

Od początku aż do dnia dzisiejszego Prezesem „Kongresu Polaków w Rosji” pozostaje p. Halina Subotowicz-Romanowa. To zresztą nie jedyny obowiązek pani Prezes. Zgodnie z nową redakcją Ustawy Federalnej „O autonomii narodowościowo-kulturalnej” oraz Decyzją „O Radzie konsultacyjnej ds. Autonomii Narodowościowo-Kulturalnych przy Ministerstwie Rozwoju Regionalnego Federacji Rosyjskiej” p. Halina Subotowicz-Romanow jest również członkiem Rady Konsultacyjnej ds. Autonomii Narodowościowo-Kulturalnych przy Ministerstwie Rozwoju Regionalnego Federacji Rosyjskiej oraz Rad Konsultacyjnych przy Dumie Państwowej i Radzie Federacji.

Do najaktywniejszych członków „Kongresu Polaków” należą organizacje polonijne z Abakanu, Jekaterynburga, Irkucka, Krasnojarska, Moskwy, Orenburga, Permu, Petersburga, Saratowa, Smoleńska, Tomska, Tiumenia i Ułan Ude.

Podstawowy cel „Kongresu” to przetrwanie i rozwój rosyjskiej społeczności Polaków w Rosji poprzez ochronę ich interesów narodowych i kulturalnych, zachowanie tożsamości, języka ojczystego, kultury narodowej i edukacji w języku ojczystym.

By móc realizować ustalone przez regulamin cele, „Kongres Polaków w Rosji” w ogromnej mierze skupia się na historii i tradycji Polaków w Rosji, główną uwagę poświęcając kwestiom oświaty, kultury i edukacji. Wymienione obszary zainteresowań polonii oraz konkretne problemy działalności placówek edukacyjnych rozpatrywane i dyskutowane są na corocznych konferencjach, w których udział biorą prezesi organizacji członkowskich „Kongresu”. Przy tej okazji należy wspomnieć, iż od 1995 roku „Kongres Polaków Rosji” organizuje coroczne kursy metodyczne dla nauczycieli języka polskiego, angażując specjalistów z Moskiewskiego Uniwersytetu Państwowego i czołowych polskich uczelni.

W ciągu 17 lat działalności „Kongresu” udało mu się zorganizować cały szereg konferencji naukowo-oświatowych, w które zaangażowały się instytucje naukowe i edukacyjne Federacji Rosyjskiej oraz Rzeczypospolitej Polskiej. Na miejsce spotkań ustalono nie tylko Moskwę, ale również Irkuck, Krasnodar, Orenburg czy Abakan. Były to między innymi Międzynarodowa konferencja naukowo-praktyczna  pt. „Zaspokojenie potrzeb edukacyjnych Polaków w Rosji” (1994 r.), konferencja „Aktualne problemy i perspektywy ruchu polonijnego w Rosji” (Moskwa, 2000 r.), „Historia i współczesność Polaków na Kaukazie” (Krasnodar, 2004 r.), „Polska armia generała Władysława Andersa na ziemi orenburskiej” (Orenburg, 2007 r.), „70. rocznica rozpoczęcia Drugiej wojny światowej: historia i jej interpretacje” (Moskwa, 2009 r.) i inne.

Intensywne życie polonijne toczy się na szczeblu lokalnym. W regionalnych organizacjach „Kongresu” działają szkoły niedzielne, odbywają się kursy lub zajęcia fakultatywne z języka polskiego dla dzieci i dorosłych. W Moskwie i Abakanie funkcjonują centra metodyczne o znaczeniu regionalnym, których zadaniem jest opracowywanie materiałów dydaktycznych przy jednoczesnym podnoszeniu kwalifikacji nauczycieli języka polskiego.
Historia Polski i Rosji stanowi jeden z fundamentów funkcjonowania „Kongresu”. Jego członkowskie organizacje regularnie uświetniają najważniejsze daty w historii obydwu krajów. W 1998 roku zorganizowano na przykład obchody 200-lecia urodzin Adama Mickiewicza w Moskwie, Petersburgu, Samarze, Saratowie, Jekaterynburgu, Tiumenie, Orenburgu, Irkucku, Tomsku, Abakanie i innych miastach. Udział w uroczystościach wzięli nie tylko członkowie polonii, ale także przedstawiciele innych organizacji narodowościowych. Rok jubileuszowy Fryderyka Chopina i Aleksandra Puszkina uczczono wieloma koncertami, wieczorami i wystawami

W 1992 roku nakręcony został film dokumentalny zatytułowany „Pamięć i ból Katynia”, a w 2005 roku dokumentalny film-esej „Nie lękaj się! Modlę się o Ciebie!” poświęcony papieżowi Janowi Pawłowi II — wybitnemu przywódcy religijnemu, teologowi, filozofowi, poecie, dramaturgowi (reżyser — Tamara Elżbieta Jakżyna).

W ciągu ostatnich pięciu lat w lokalnych muzeach krajoznawczych Tiumenia, Abakanu i Buzułuka utworzono stałe polonijne ekspozycje.
W centralnych halach wystawowych Moskwy tamtejsza Autonomia Narodowościowo-Kulturalna Polaków „Dom Polski” w roku 2001, 2003 i 2005 zdołała zorganizować wystawy polskich malarzy z Rosji pod tytułem „Polska paleta Rosji”.

„Kongres Polaków” ogromny nacisk kładzie na badania i popularyzację polskiego dziedzictwa historyczno-kulturowego Rosji, wspierając poszukiwania i wprowadzenie do obrotu naukowego dokumentów archiwalnych i zbiorów bibliotecznych polskich organizacji XIX i XX wieku. Dzięki staraniom organizacji z Tomska, Moskwy, Petersburga, Orenburga, Ufy, Ułan-Ude, Samary, Permu, Irkucka, Krasnodara wydano zbiory artykułów i dokumentów poświęconych historii Polaków w Rosji. Należy do nich chociażby monograficzny zbiór w języku rosyjskim „Syberia w historii i kulturze narodu polskiego”, przygotowany przez FPANK „Kongres Polaków w Rosji” wspólnie z moskiewskim „Domem Polskim”

Zdecydowana większość organizacji posiada swoje niskonakładowe wydawnictwa w języku polskim i rosyjskim. Oficjalny organ FPANK „Kongres Polaków w Rosji” to wydawane w Abakanie czasopismo „Rodacy”. We wszystkich organizacjach „Kongresu” działają zespoły folklorystyczne, w tym dziecięce. W Moskwie stworzono i oficjalnie zarejestrowano „Polski Teatr w Moskwie” (reżyser E. Ławreńczuk), który stale uczestniczy w kilku międzynarodowych festiwalach teatralnych. Teatr wystawia spektakle w języku polskim z udziałem zawodowych aktorów i amatorów.
Przez wszystkie lata swojej działalności „Kongres” niezmiennie opowiada się za przywróceniem prawdy historycznej i rehabilitacją represjonowanych Polaków i ich potomków oraz dąży do upamiętnienia miejsc pamięci narodowej.

Celem kształtowania państwowej polityki narodowościowej Rosji, kierownictwo „Kongresu Polaków w Rosji” i jej regionalne organizacje aktywnie współdziałają z państwowymi instytucjami na poziomie centralnym i regionalnym, komitetami i komisjami Rady Federacji, Dumy Państwowej i odpowiednimi organami władzy na poziomie obwodowym i miejskim. Prezesi regionalnych organizacji są członkami rad konsultacyjnych do spraw polityki narodowościowej przy głowach podmiotów Federacji.

FPANK „Kongres Polaków w Rosji” nawiązał owocną współpracę z organizacjami społecznymi Polski, w tym Stowarzyszeniem „Wspólnota Polska”, które udziela pomocy rosyjskim Polakom na poziomie edukacji, a także z Fundacją „Pomoc Polakom na Wschodzie”, Związkiem Harcerstwa Polskiego”, wespół z którym w przeciągu ostatnich lat zorganizowano kolonie wypoczynkowe dla dzieci i nastolatków w Moskwie, Ułan Ude, Orenburgu, Tomsku i Abakanie.

„Kongres Polaków w Rosji” jest członkiem Rady Polonii Świata i Europejskiej Unii Wspólnot Polonijnych; poczynając od 1998 r. przedstawiciele „Kongresu” biorą czynny udział we wszystkich światowych zjazdach Polonii.

1 grudnia 2007 r. na IV zjeździe „Kongresu Polaków w Rosji” w poczet członków zostały przyjęte cztery nowe regionalne organizacje z Kurska, Pietrozawodska, Omska i Piatigorska. Kongres rozpatrzył kwestie związane z aktywizacją pracy z młodzieżą, utworzeniem jednolitego programu szkoleniowo-metodycznego dla szkół niedzielnych, kursów i zajęć fakultatywnych oraz wyznaczył plan badań naukowych i konferencji na temat historii Polaków w Rosji na najbliższe pięciolecie. Uczestnicy zjazdu poddali również dyskusji problem wzmożenia współpracy z innymi narodowościowo-kulturowymi organizacjami Rosji oraz zwiększenia roli polonijnych organizacji Rosji w dziele rozwoju przyjaznych stosunków rosyjsko-polskich.